Moderne Hochdurchsatzverfahren wie Microarrays, Massenspektometrie und die neue Next-Generation-Sequenzierung generieren eine enorme Menge experimenteller Daten, und es wird zu einer Herausforderung diese Daten zur weiteren Analyse zu zu verwalten und zu intgrieren.

An der FRISYS Core Facility Data Management, verwalten und supporten wir Bioinformatiksoftware um die Anforderungen der FRISYS-Gruppen, die mit unterschiedlichen Modellorganismen arbeiten, an die “omik”-Datenverwaltung und -integration zu erfüllen.

Diese Software ist zur Verarbeitung, Analyse und Visualisierung von Transkriptomik- und Proteomikdaten bestimmt. Die experimentellen Daten werden in einer standardisierten und integrierten Art und Weise verarbeitet. Alle Verarbeitungsschritte zusammen mit den experimentellen Daten werden auf einem Zentralserver gespeichert. Die Core Facility unterstützt nicht nur die Benutzer einer bestehenden Software über E-Mail-Helpdesk und regelmäßige Benutzerschulungen vor Ort, sondern bietet auch angepasste Datenanalyselösungen an, um spezifischen Benutzerbedürfnissen zu entsprechen. Im Kontext der Systembiologie dient die Core Facility Data Management als eine Verbindung zwischen rohen experimentellen Daten und mathematischer Modellierung.

Die wesentlichen Programme die wir nutzen sind:

• Genedata Expressionist
• R/Bioconductor

Wir sind insbesondere interessiert an Bioinformatik-Themen wie Analyse von Next-Generation-Sequenzierungsdaten, z.B. RNA-Seq und ChIP-Seq und integrativer “omik”-Datenanalyse, z.B. die Integration von Daten aus Transkriptomik und quantitativer Proteomik. Kollaborationen sind willkommen.